Pada siktar emapat abad (400-an) tahun yang lalu sebelum Belanda masuk ke Indonesia,maka wilayah semenanjung (Pesisir) atau pulau jawa dan wilayah pantai urtara masih merupakan hutan belantara yang belum terjamah oleh manusia.Pada tahun 1700-00 setelah belanda menguasai menguasai tanah jawa dan di bangunnya jalan dari Anyer sampai Penarukan oleh VOC maka daerah berkembang.

Pemerintah Desa Kebongembong menurut cerita leluhur dimulai sekitar tahun 1845an,dengan dimulainya babat alas oleh seorang tokoh dari wilayah timur yang bernama MBAH GEMBONG bersama istri,beliau ini berasal dari wilayah Yogyakarta dan pernah tinggal 15 tahun,Kalau sekarang berarti masuk daerak Kecamatan PAGERUYUNG,KedartanganMbag Gembong bersama istri tersebut melahirkan 5 orang Putra.

Tokoh kedua berasal dari Banyumas bernama MBAH SURO dan istri,beliau mempunyai 4 orang putra dan putri.

Tokoh ketiga dari Yogyakarta bernama MBAH MITRO dan istri,beliau mempunyai keturunan 3 orang anak.

Sebagaimana kebanyakan orang jawa pada masa itu ketiga tokoh tersebut adalah merupakan tokoh mempunyai kesaktian dan daya linuwih dalam oleh kanuragan (batin),sehingga beliau - beliau berani masukan kewilayah Dsa KEBONGEMBONG ini yang dikenal sangat angker (Wingi) dan banyak di jumpai pepohonan yang besar dan imbun,yang salah satunya adalah sejenis kebon yang banyak pepohonan yang merupakan cikal bakal nama dari Desa KEBONGEMBONG Ketokohan dari para perintis Desa Kebongembong ini sudah cukup di kenal oleh kenyataan sampai sekarang di areal perkampungan masih ditemukan pepohonan yang cukup besar dan kecil dalam jumlah yang banyak dan berhasi.

 Desa Kebongembong adalah Desa Kolonisasi yang datang dari beberapa Daerah di Jawa Tengah yang terdiri dari beberapa Daerah (Dusun) Desa Kebongembong pada mulanya adalah dari kawasan hutan,dan menggarap tanah yang telah disediakan oleh pemerintah seluas 523,23 Ha.

Sebelum Kemerdekaan Pemerintah Desa Kebongembong dimulai pada tahun 1880-an.Wilayahnya terbagi 2 yaitu :

1. Desa Gembong yang menjabat Lurah Pertama adalah Mbah Gembong yang menjabat selama 30 tahun dan berakhir tahun                      1910.Kemudian digantikan oleh Mbah Djastomo sampai dengan tahun 1946,dilanjutkan Kusno sampai 1946 (menjabat 3 bulan).

2. Desa Kebonanom yang menjadi lurah Pertama adalah Reso Utomo sampai dengan tahun 1928 yang selanjutnya di jabat oleh Sujono Tuwin (sd 1946),

Tahun 1946 Desa Gembong dan Desa Kebongembong bergabung menjadi Desa Kebongembong dengan Lurah/Kepala Desa sebagaiberikut  :

     1. Suharjo (1946-1969) dengan Carik/Sekdes Reso Prawiro

     2. Sutarmo (1969-1986) dengan Sekdes Daswadi

     3. Achmad Rochmadi (1987-1998) Sekdes Rohman Nardi

     4. H.M.Habib Muslikh (1998-2007) Sekdes Eko Wibowo

     5. Bambang Utoyo (2010-2016) Ymt Sekdes Budiharti

     6. M.Fachrurozi As'ary (2018-sekarang) Sekdes Witono

l